Das "Freie Deutsche Hochstift für Wissenschaften, Künste und allgemeine Bildung" wurde 1859, am 100. Geburtstag Friedrich Schillers, von etwa fünfzig zumeist Frankfurter Bürgern gegründet. Die politischen Ideale der gescheiterten Revolution von 1848 sollten hier eine ins Geistig-Kulturelle gewendete Heimstatt finden. Initiator war der siebenunddreißigjährige Privatdozent der Geologie Dr. Otto Volger aus Lüneburg, der selbst einst ein aktiver 1848er gewesen war.

Der jedem offenstehende Verein – damals keine Selbstverständlichkeit! – verstand sich als Akademie und zugleich als eine Art Volkshochschule.

Er wollte in Lehre und Forschung von obrigkeitlicher oder kirchlicher Bevormundung frei sein und den Gedanken der deutschen Einheit in der Besinnung auf die gemeinsame kulturelle Identität wach halten: ein "Hochstift", ein geistiger Mittel- und Sammelpunkt für die ganze Nation.

1863 erwarb der junge Verein Goethes Elternhaus am Großen Hirschgraben, das seit dem Auszug Catharina Elisabeth Goethes 1795 mehrmals den Besitzer gewechselt hatte, im Innern umgebaut und zum Teil noch vermietet war.

Mit dem Kauf und der allmählichen Inbesitznahme des Hauses wuchs der Vereinigung eine neue Aufgabe zu.

Neben dem satzungsgemäßen Wirken für das allgemeine Bildungswesen, dem man durch Vortragsreihen, öffentliche Stellungnahmen zu Bildungsfragen und den Versuch, bedeutende Persönlichkeiten für diese Bestrebungen zu gewinnen, nachkam, galt es, der historischen Bedeutung von Goethes Elternhaus gerecht zu werden.

Dank eines großen Vermächtnisses, das 1881 die Finanzen des Vereins auf eine solide Grundlage stellte, durfte man hoffen, die Vielfalt der Aufgaben zu bewältigen.

Zwei Umstände führten indessen bald zu einer deutlichen Gewichtsverlagerung zugunsten der Museums-, Sammlungs- und Forschungstätigkeit: die Gründung einer Universität in Frankfurt am Main, der Johann Wolfgang Goethe-Universität, und das Erlöschen eines eigenen Lehrangebots während des Ersten Weltkriegs.

Schon 1897 hatte ein eigener Museums- und Bibliotheksbau neben dem Goethe-Haus errichtet werden können, das "Frankfurter Goethe-Museum", das die seit der Jahrhundertwende stetig vermehrten Sammlungen an bildkünstlerischen Zeugnissen, Dichterautographen und Büchern der Goethezeit sowie die dazugehörige Forschungsbibliothek aufnahm.

Seit 1902 legte das "Jahrbuch des Freien Deutschen Hochstifts" über diesen Tätigkeits- zweig ausführlich Rechenschaft ab.

Im Jahr 1925 übernahm Ernst Beutler das Amt des Direktors aus den Händen des seit 1888 amtierenden Otto Heuer, des eigentlichen Gründers eines Goethe-Museums in Frankfurt am Main. Die Situation war äußerst schwierig: Die Inflation hatte die finanzielle Grundlage des Freien Deutschen Hochstifts vernichtet, das Goethe-Haus bedurfte dringend der baulichen Stabilisierung, der Museums-Bau musste erneuert und erweitert werden. Es gelang, alle drei Probleme innerhalb von sieben Jahren zu bewältigen, und am 14. Mai 1932 konnte durch Thomas Mann der neue Museumstrakt feierlich eröffnet werden.

Mit dem Jahr 1933 zogen neue, ernsthafte Gefährdungen für das Freie Deutsche Hochstift und seinen liberal gesinnten Direktor herauf.

Das Reich und Preußen stellten ihre Unterstützung ein; die Frankfurter Kreise, die dem Institut geistigen und materiellen Rückhalt geboten hatten, wurden von den Nationalsozialisten zersprengt und ins Exil oder in die innere Emigration getrieben.

1937 verlor der Hochstiftsdirektor seine Honorarprofessur an der Universität und erhielt Redeverbot im "Gau" und in der Stadt Frankfurt.

In sicherer Erwartung des Krieges begann das Institut von 1939 an, seine wertvollen Sammlungsbestände an Orten außerhalb Frankfurts auszulagern, bis 1943 wurden sie nach und nach an zwölf verschiedenen Plätzen in Sicherheit gebracht. Bei dem großen Angriff auf Frankfurt am Main am 22. März 1944 sinken das Goethe-Haus und das Goethe-Museum in Trümmer.

Die ersten Jahre nach dem Zweiten Weltkrieg waren von den Mühen des Wiederaufbaus dominiert, der für das Goethe-Haus 1951, für das Goethe-Museum 1954 abgeschlossen werden konnte. 1960 stirbt Ernst Beutler, hochgeehrt im Inland wie im Ausland.

1962 tritt Detlev Lüders das Amt des Direktors an. Unter seiner Leitung werden die Abteilungen des Hauses um zwei erweitert, eine Brentano-Redaktion und eine Hofmannsthal-Redaktion. Der Bibliothek wird eine Papierrestaurierungswerkstatt angegliedert, der Graphischen Sammlung ein Fotoarchiv. Das Jahrbuch wird nach langer Unterbrechung wieder gegründet, das Institut übernimmt mit der "Historisch-kritischen Ausgabe sämtlicher Werke und Briefe Clemens Brentanos" und der "Kritischen Ausgabe Sämtlicher Werke Hugo von Hofmannsthals" zwei Editionsprojekte hohen wissenschaftlichen Anspruchs.

Nach zwanzigjähriger Amtstätigkeit tritt Detlev Lüders in den Ruhestand, ihm folgte für ein Jahr der Goethe-Forscher Arthur Henkel, im Herbst 1983 übernahm Christoph Perels das Amt des Direktors.

Schon 1982 waren erste konkrete Überlegungen erfolgt, wie die nach dem Krieg unter großen Einschränkungen wiedererrichteten Gebäude saniert und den Sammlungen wie den Aufgaben entsprechend ausgestaltet werden könnten. Ein grundlegender Umbau der Magazine, des Museums und der Arbeitsräume erwies sich als unabdingbar. Ohne dass der Sammlungsauftrag und die wissenschaftlichen Projekte eine Unterbrechung erfuhren und ohne dass das Goethe-Haus selbst geschlossen werden musste, konnte das Institutsgebäude zwischen 1992 und 1997 grundlegend saniert, umgebaut und modernen Sicherheits- und Arbeitsstandards angepasst werden.

Am 20. Juni 1997, dem hundertsten Geburtstag des Frankfurter Goethe-Museums, wurde das umgebaute Haus durch Bundespräsident Roman Herzog feierlich eingeweiht. Seitdem bietet das Freie Deutsche Hochstift über seine wissenschaftliche und seine Museumsarbeit hinaus jährlich ein umfangreiches Kulturprogramm mit Vorträgen, Dichterlesungen, Rezitationen und Musikabenden an, seine Ausstellungstätigkeit hat sich dank eines hinzugewonnenen Saals deutlich intensiviert. Seit 2003 steht mit Anne Bohnenkamp-Renken die erste Frau an der Spitze des Freien Deutschen Hochstifts.

Vierzig, zum Teil aus Drittmitteln bezahlte Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter sowie sechsundzwanzig Aushilfskräfte arbeiten in den verschiedensten Aufgabenbereichen und stehen den jährlich rund 100.000 Besuchern des Goethe-Hauses, des Goethe-Museums und der Forschungseinrichtungen zur Verfügung.

Vorsitzender des Verwaltungsausschusses: Carl-L. von Boehm-Bezing
Stellvertr. Vorsitzender: Prof. Dr. Gerhard Kurz
Schatzmeister: Dr. Helmut Häuser
Stellvertr. Schatzmeister: Friedrich von Metzler