Zu den Organen des Freien Deutschen Hochstifts zählt neben der Mitgliederversammlung und der Direktorin der Verwaltungsausschuss. Er setzt sich aus derzeit einundzwanzig von der Mitgliederversammlung gewählten Mitgliedern zusammen, ferner je einem Vertreter des Bundesministeriums des Innern, des Hessischen Ministeriums für Wissenschaft und Kunst und des Magistrats der Stadt Frankfurt am Main. Als Mitglieder gehören dem Verwaltungsausschuss außerdem zwei Delegierte der Stadtverordnetenversammlung der Stadt Frankfurt am Main an. Die Amtszeit beträgt vier Jahre. Eine Wiederwahl ist möglich.

Dem Verwaltungsausschuss des Freien Deutschen Hochstifts gehören am 01.06.2016 an:

• Carl.-L. von Boehm-Bezing, erster Vorsitzender
• Prof. i. R. Dr. Gerhard Kurz, stellv. Vorsitzender
• Dr. Helmut Häuser, Schatzmeister
• Friedrich von Metzler, stellv. Schatzmeister

• Dr. Burkhard Bastuck
• Dr. Andreas Dietzel
• Prof. Dr. Heinz Drügh
• Prof. Hedwig Fassbender
• Dr. Gabriele C. Haid
• Hannes Hintermeier
• Prof. Dr. Rolf Krebs
• Manfred Krupp
• Martin Mosebach
• Prof. Dr. Klaus Reichert
• Dr. Claudia Schmidt-Matthiesen
• Monika Schoeller †
• Prof. Dr. Manfred Schubert-Zsilavecz
• Dr. Klaus-Dieter Stephan
• Mitglied ehrenhalber: Dr. Rüdiger Volhard 
• Prof. Dr. Gerd Weiß

Vertreter der Bundesregierung:

• Dr. Nicole Zeddies
   

Vertreter des Landes Hessen:

• Staatssekretärin Ayse Asar (Ministerium für Wissenschaft und Kunst)
• Ministerialrätin Anja Steinhofer-Adam

Vertreter der Stadt Frankfurt am Main:

• Dr. Ina Hartwig, Kulturdezernentin
• Dr. Thomas Dürbeck, Stadtverordnetenversammlung
• Eugen Emmerling, Stadtverordnetenversammlung

Dem wissenschaftlichen Beirat des Freien Deutschen Hochstifts gehören am 18.02.2020 an:

• Prof. Dr. Jeremy Adler
• Prof. em. Dr. Gottfried Boehm
• Prof. Dr. Nicholas Boyle
• Prof. Dr. Heinrich Detering
• Prof. Dr. Andreas Fahrmeier
• Prof. Dr. Fotis Jannidis
• Prof. i.R. Dr. Gerhard Kurz
• Prof. em. Dr. Klaus Reichert
• Prof. Dr. Luigi Reitani